Uno dei compiti primari dell’Accademia è quello di custodire e valorizzare, provvedendovi con le proprie risorse e con le proprie conoscenze scientifiche, le preziose vestigia fossili della più antica e affascinante storia del Valdarno: testimonianze uniche di epoche lontanissime, nelle quali si formarono i caratteri attuali del Valdarno.

Molti turisti provenienti da tutto il mondo visitano ogni anno il Museo. Alunni delle scuole del Valdarno vi compiono visite guidate, frequentandovi laboratori didattici e corsi dove si danno anche i concetti base dell’ecologia. Ogni anno, all’interno delle attività del Museo, si svolgono seminari e conferenze su temi legati alla storia del clima, della fauna e della flora.
Nel rispetto delle finalità per cui fu fondata, l’Accademia svolge inoltre ogni anno un’intensa attività di promozione culturale su vari altri piani.
Presso l’Audioteca «Ottavio Matteini» si tengono cicli di lezioni per studenti delle scuole medie superiori, propedeutici alla comprensione della musica classica. Sono poi messe in calendario audizioni commentate e cicli di conferenze su temi e protagonisti della musica classica.

In applicazione di un protocollo di collaborazione con gli Istituti di istruzione superiore del Valdarno nel progetto scuola-lavoro, l’Accademia è sede riconosciuta per un articolato quadro di stage formativi, riconosciuti ad ogni effetto curriculare.

L’Accademia promuove la valorizzazione e la tutela del territorio valdarnese con seminari, conferenze, lezioni, gite guidate, nonché tramite la pubblicazione di appositi Quaderni di storia territoriale. Organizza corsi di storia degli insediamenti e del paesaggio, mirati alla formazione di operatori qualificati per l’imprenditoria turistica nonché all’aggiornamento degli insegnanti e dei soggetti interessati nelle amministrazioni comunali.
Una ricca Biblioteca, aperta al pubblico, offre molti e aggiornati strumenti di ricerca per la storia del Valdarno e per le scienze della terra, oltre che custodire migliaia di testi antichi provenienti anche da conventi del territorio soppressi durante il periodo napoleonico.

Infine, è vanto dell’Accademia la pubblicazione di una delle più antiche riviste italiane, le «Memorie Valdarnesi», che ospita contributi scientifici su tutti settori in cui si articola l’Accademia, con particolare attenzione ai lavori di giovani e promettenti ricercatori.